Chiar daca secerisul graului abia a inceput, pregatirea spatiilor pentru depozitare este in atentia agricultorilor. Depopozitarea presupune efectuarea curateniei, dezinsectia si deratizarea. Pe langa maturarea si spalarea spatiilor o operatiune foarte importanta este curatirea crapaturilor din pardoseala si pereti, pentru ca acestea sunt locuri de refugiu si impupare pentru numeroase insecte. Curatirea se poate face cu vergele metalice subtiri sau cu sarme. Unde este posibil este bine ca toate crapaturile sa fie acoperite.
Dezinsectia se face prin stropirea pardoselii, a peretilor si a elementelor din acoperis cu insecticide specifice (Reldan, Actelic etc) Stropirea se face cu atentie pentru a acoperi bine intreaga suprafata. Dezinsectia se mai poate face prin gazare, acolo unde particularitatea magaziilor face din aceasta o metoda eficienta.
Deratizarea sau combaterea rozatoarelor este o masura foarte importanta deoarece rozatoarele pe langa pagubele propriu-zise si foarte mari pe care le provoaca sunt si vectori de transport pentru numerosi daunatori de depozit, care se prind in blana acestora. Deratizarea se face prin metode de combatere efectiva (momeli, capcane) dar si prin metode de indepartare a rozatoarelor (aparate cu ultrasunete, inchiderea galeriilor etc. Problemele care apar la depozitarea graului duc inevitabil la deprecieri calitative (incingerea produsului, mucegairi, ranceziri, boabe roase) ale graului depozitat si se clasifica in functie de sursa care provoaca aparitia problemei.