Se constata frecvent deprecieri provocate de boli la cartofi, ceapa fructe. Aceste deprecieri au ca efect putrezirea produselor si sunt provocate de diversi agenti fitopatogeni printre care: putregaiul moale al cartofilor si cepei, raia neagra a cartofului, mana cartofului, patarea bruna a cartofului, putregaiul uscat al tuberculilor, mana cepei, putregaiul cenusiu al cepei, putregaiul la fructe. Specificul acestor agenti fitopatogeni este acela ca ataca plantele in camp si infectia trece pe recolta. Deci produsele pot intra infectate in depozitare. Sunt insa si agenti fitopatogeni care se dezvolta in depozite: Aspergillus sp, Penicillium sp. Rhizopus nigricans, Bacterium prodigiosum etc. Este foarte important de precizat ca, pe langa deprecierea produselor depozitate, acesti agenti fitopatogeni pot produce toxine periculoase pentru om sau animale.